东南大学针对中央指导组提出的问题，以开展“不忘初心、牢记使命”主题教育为契机，在全面把握“守初心、担使命、找差距、抓落实”总要求基础上，将学习形式与特色教育资源相结合，将调查研究与学校中心工作相结合，将整改落实与激发师生干事创业精气神相结合，狠抓“改”和“做”，着力破解制约学校发展的瓶颈问题。
一是将学习形式与特色教育资源相结合，突出立德树人根本任务，培养师生爱国意识和家国情怀。学校创新学习形式，充分利用本地雨花台烈士陵园和校友英烈事迹红色资源，由学生志愿者采访老校友形成口述史，举办了《在雨花英烈精神的激励下前进——东南大学一代青年的红色记忆》专题展，校领导班子和师生代表到南京雨花台烈士陵园开展主题教育现场学习，通过挖掘展现学校光荣的革命传统，传承红色基因，激发广大青年秉承先贤和英烈的遗志，坚定不移跟党走，把浓烈的报国情、远大的报国志转化为坚定的报国行，为实现中国梦贡献青春、智慧和力量。以庆祝新中国成立70周年为契机，与新华网联合举办“峥嵘七十载与国共奋进——东大人的国家记忆”主题思政大课，进行网络图文直播，学校领导干部师生一起学习回顾由本校院士、教师和杰出校友代表讲述的东南大学报效国家的故事，穿插现场师生对爱国爱校歌曲的生动演绎，展示了东南大学与时代同呼吸、与国家共命运的使命担当，产生良好社会反响。
二是将调查研究与学校中心工作相结合，突出推进“一流大学”和“一流学科”建设。突出问题导向和实践导向，以主题教育为契机，深入调研学校人事工作中长期存在的问题，从规范程序、优化评价、加强培育、严格管理四个方面入手，全面推进人事制度改革，提升教师队伍的整体水平和竞争力，激发教师队伍活力。将调研成果作为人事制度改革的重要依据，制定了《东南大学院系单位关键业绩指标（KPI）绩效考核与管理实施办法》、《东南大学关于进一步加强全职博士后队伍建设的若干意见》等11份文件，形成“东南大学人事改革八条举措”，以制度建设巩固调研成果。
三是将整改落实与激发师生干事创业精气神相结合，突出党员干部和师生的担当作为。针对主题教育专项整治中干事创业精气神不够，患得患失不担当不作为的问题，着力整改。以中央新修订《党政领导干部选拔任用工作条例》为契机，学校对中层领导干部选拔任用办法进行修订，同时制订《东南大学中层正职领导干部年度考核办法（试行）》，结合基层院系行政换届、巡查整改等各项工作，探索干部能上能下机制体制，激发干部担当作为。结合毕业季，凸显学校“以科学名世，以人才报国”办学理念和培养肩负民族复兴大任的一流领军人才育人目标，举办“不忘初心、牢记使命——到祖国最需要的地方去”大型人才供需会，邀请国家“四重”行业单位来校举办科技报国和科技强国论坛，号召学生到祖国最需要的地方去，激发学生的爱国热情和使命担当。